תהילים 99 משבח את שלטונו המלכותי של אלוהים בכל העמים ואת קדושתו. בעל התהילים מספר דוגמאות למנהיגים רבי עוצמה שעבדו את אלוהים, כולל משה, אהרון ושמואל. הפרק מסתיים בקריאה לעבוד את ה' ולקיים את מצוותיו.
תהילים 99 מזכיר לנו את חשיבות ההכרה בסמכותו ובריבונותו של אלוהים. הדוגמאות של משה, אהרן ושמואל מדגימות כיצד אפילו גדולי המנהיגים בזמנם נכנעו לכוחו של אלוהים. גם המזמור מדגיש את קדושת ה', שאמורה לעורר יראה ויראת שמים בכל המתקרבים אליו. בקריאה לציות למצוות ה', מזכיר לנו מזמור המזמור שפולחן אינו רק שירת הלל, אלא גם לחיות חיים המכבדים את אלוהים. בסך הכל, תהילים 99 הוא תזכורת רבת עוצמה לגדולתו של אלוהים וקריאה להיכנע לחלוטין לרצונו.